Les je najdôležitejším biotopom pre netopiere, pretože každý náš druh je výlučne alebo minimálne čiastočne viazaný na lesný ekosystém. Netopiere predstavujú v lesoch málo poznanú skupinu živočíchov, napriek tomu, že ako predátory hmyzu aktívneho prevažne v noci, majú v lesných ekosystémoch nezastupiteľné miesto. Sú viacerými vlastnosťami veľmi dobre prispôsobené k efektívnej regulácii hmyzích populácií – vysoká spotreba potravy, veľká pohyblivosť a aktivita, schopnosť vyhľadávať miesta koncentrácie potravy, dlhovekosť, dokonalé vývojové prispôsobenie nočnej aktivite a lovu hmyzu. Netopiere sú v lesoch aktívne počas celej noci pričom vrchol aktivity je krátko po západe slnka.
Za noc dokážu uloviť a skonzumovať potravu rovnajúcu sa 20–50 % svojej telesnej hmotnosti. Kolónia 800 jedincov netopierov obyčajných dokáže za noc uloviť až 55 000 jedincov hmyzu a celkovo 2000 kg hmyzu za leto! Jeden netopier vodný uloví za noc z vodnej hladiny 3000-4000 lariev komárov. Každý druh má špecifickú lovnú stratégiu, čo predurčuje nielen jeho schopnosť vydávať ultrazvukovú frekvenciu v určitom rozsahu ale aj stavba krídel a tela. Jednotlivé druhy sa špecializujú na pomalý alebo rýchly lov voľne vo vzduchu, lov medzi korunami stromov, zbieranie potravy z podkladu (listov, kôry) alebo zeme či vodnej hladiny. Niekoľko druhov využíva aj pasívny spôsob lovenia, visiac na konári, kedy vyletujú za korisťou až po jej zaregistovaní (lov z postriežky).
Pretože najvýznamnejším faktorom ovplyvňujúcim úkrytové a potravné možnosti v lesoch je lesné hospodárstvo, je to zároveň i najväčšie pole na výskum, propagáciu výsledkov a presadzovanie takých foriem hospodárenia, aby bolo možné lepšie využiť regulačný potenciál netopierov a tiež zachovať ich druhovú diverzitu pre budúcnosť.