Právna ochrana netopierov je zakotvená predovšetkým v zákone č. 543/2002 Z. z. o ochrane prírody a krajiny a vyhláške MŽP SR č. 24/2003 Z. z., ktorou sa vykonáva tento zákon. V rámci Európskej únie je Slovensko povinné ako členský štát zabezpečovať ochranu netopierov aj v zmysle Smernice Rady 92/43/EHS o ochrane biotopov, voľne žijúcich živočíchov a voľne rastúcich rastlín (tzv. Smernica o biotopoch). Boli vyhlásené viaceré územia európskeho významu kde predmetom ochrany sú aj netopiere a dve špeciálne územia, kde sú hlavným predmetom ochrany netopiere – Dubnické bane a Bradlo. Jednotlivé druhy netopierov sú zahrnuté aj do príloh niektorých medzinárodných dohovorov, ktoré sa Slovensko zaviazalo dodržiavať a z ktorých vyplývajú konkrétne úlohy a záväzky na zabezpečenie ochrany netopierov u nás (EUROBATS a ďalšie).
UNEP/EUROBATS
Agreement on the Conservation of Populations of European Bats