Jedná sa o prieskumy realizované na menšom území alebo na vybraných lokalitách, na ktorých je skúmaný vplyv rôznych, prirodzených alebo antropogénnych faktorov na netopiere. Pomocou týchto prieskumov sa zisťuje napr. vplyv výstavby či obnovy rýchlostných ciest, veterných parkov, zatepľovania a rekonštrukcií budov na výskyt netopierov, alebo aj epidemiologické nákazy ovplyvňujúce populácie netopierov a pod. Do tejto kategórie výskumu zaraďujeme aj kontroly obsadenosti inštalovaných búdok pre netopiere.
Výskum stromových druhov netopierov
Táto oblasť ekológie netopierov je veľmi náročná, ale boli už urobené prvé kroky. Na Ústave ekológie lesa SAV vo Zvolene sa na túto problematiku zameral Peter Kaňuch a Ladislav Naďo. Cieľom ich štúdia sú hlavne faktory určujúce výber úkrytu – stromovej dutiny. Počas intenzívneho výskumu na maloplošných lokalitách (park a panónsky háj) bolo dohľadaných desiatky dutín viacerých druhov netopierov, z ktorých stromové dutiny uchane čiernej a netopiera riasnatého boli nájdené po prvýkrát na Slovensku. Dohľadávanie sa vykonávalo pomocou detektora počas ranných rojení, kedy netopiere po návrate z lovísk krúžia okolo úkrytu. Metóda je vysoko časovo náročná a nie je možné ju použiť na rozsiahlejších územiach. Výhodné pre tento typ výskumu je použitie rádio-telemetrie, kde sa na odchytené jedince upevní miniatúrna vysielačka, pomocou ktorej sa netopier sleduje.
Výskum podmienok hibernácie netopierov v jaskyniach
Výskum viedla Lucia Bobáková, ktorej sa podarilo získať štipendium americkej spoločnosti Bat Conservation International v roku 1999. Zaoberala sa podmienkami hibernácie a tiež vplyvom človeka na populácie zimujúcich netopierov v jaskyniach, ktoré boli sprístupnené. Tento výskum poskytol informácie pre odhad populačných zmien v týchto jaskyniach v budúcnosti a tiež cenné podklady pre navrhovaný manažment jaskýň.
Letová a lovná aktivita netopierov v lesoch
Loviská netopierov sú málo známou oblasťou ekológie netopierov. Je potrebné využívať ultrazvukové detektory a tiež odchyt do sietí. Výskum, ktorý realizoval Martin Ceľuch, prebiehal v lesoch Kremnických vrchov v rokoch 2001–2004. Bol skúmaný hlavne výber lovného habitatu a preferencie jednotlivých habitatov v lesných ekosystémoch. Pomocou automatických detektorovacích systémov bol zaznamenávaný priebeh nočnej aktivity v lesoch a skúmaná tiež aktivita netopierov v korunovej etáži lesa. V roku 2015 bol viacerými našimi členmi realizovaný komplexný chiropterologický prieskum územia NP Muránska planina. Boli sledované ohniská sústredeného výskytu netopierov, preferencia stanovíšť v lesných biotopoch. Výskum vďaka intenzívnemu detektoringu odkryl informácie o existencii dvoch migračných koridorov naprieč národným parkom, ktoré netopiere pravdepodobne pravidelne využívajú.
Netopiere vo vyšších nadmorských výškach
Z vysokohorského prostredia je známych pomerne málo údajov. V roku 2016 realizoval prieskum takýchto oblastí Peter Bačkor. Zvolených bolo 22 monitorovacích lokalít na území Nízkych, Východných a Západných Tatier, v nadmorskej výške od 1465 do 2643 m n. m.. Išlo o plesá, vrcholy aj turistické chaty, kde boli umiestnené ultrazvukové detektory zaznamenávajúce hlasové prejavy netopierov pri ich večernej či nočnej aktivite. Výsledky boli prekvapujúce. Zaznamenané bolo až sedem druhov, z ktorých pomerne bežným sa javí večernica severská, ktorá sa vyskytuje aj vo výškach nad 2000 m n. m.
Epidemiologické šetrenie netopierov
Ekologické a epizootologické šetrenie v populáciách insektivorných netopierov na území Slovenska vykonávajú veterinárne inštitúcie. Na parazity hosťujúce na netopieroch sa z našich členov v medzinárodnom meradle špecializuje Martin Ševčík.
Invázie večerníc Pipistrellus pipistrellus do budov v období migrácie
Zvláštne správanie večerníc hvízdavých (Pipistrellus pipistrellus) v priebehu rojenia alebo v predhibernačnom období predstavujú masové jesenné invázie do budov vo veľkých mestách. V mnohých budovách prebiehajú takéto invázie opakovane vo viacerých po sebe nasledujúcich rokoch. Prevaha mladých jedincov (až 99%) a susedstvo so zimnými úkrytmi môže indikovať úhyn neskúsených jedincov počas prieskumných letov (prieskum nových možností pre zimný úkryt) alebo počas migrácií. Invázne správanie bolo u tohto druhu dlhodobo známe v Košiciach a v Prešove (východné Slovensko), ktoré sa nachádzajú v blízkosti hromadného zimoviska v jaskyni Erňa v Slovenskom krase. Je možné, že invázie súvisia s masovou zimnou agregáciou v spomínanej jaskyni. To poskytuje možnosť študovať prenos informácií na genetickej úrovni u tohto druhu v celom postreprodukčnom období na základe analýzy vzoriek z invázií, rojenia a hibernácie. V súčasnosti sa štúdiom tejto problematiky zaoberá tím vedeckých pracovníkov Katedry zoológie Prírodovedeckej fakulty UPJŠ v Košiciach a Ústavu ekológie lesa SAV vo Zvolene – Marcel Uhrin, Peter Kaňuch a Gréta Nusová.