Letné úkryty
Podkrovia, budovy a rôzne stavby
Niektoré druhy netopierov využívajú výtvory človeka a osídľujú podkrovné priestory ľudských obydlí. Každému sú známe netopiere v kostolnej veži, či na povale. Vďaka vhodným podmienkam pre život a vývin mláďat a malému vyrušovaniu sú osídľované napr. kolóniami podkovárov malých, netopierov obyčajných, netopierov brvitých, večerníc pozdných, ucháčov sivých. Okrem starých stavieb dnes už niektoré druhy netopierov osídľujú aj "moderné" panelové budovy, kde na úkryt využívajú duté priestory v strešných atikách a štrbiny medzi panelmi. Na sídliskách môžeme takto stretnúť najmä raniaky hrdzavé a večernice malé.
Stromové dutiny a iné lesné úkryty
Časť druhov našich netopierov žije ešte skrytejším spôsobom života. Nachádzame ich v lesoch v dutinách stromov, pod kôrou alebo v lesných chatkách pod drevenými obkladmi, okenicami a pod. Medzi takéto druhy patria najmä raniak hrdzavý, raniak malý, netopier riasnatý, netopier veľkouchý, netopier fúzatý, netopier Brandtov, netopier vodný, netopier pobrežný, večernica parková, večernica severská, večernica pestrá. Tieto druhy aj zimujú v takýchto úkrytoch. Ide hlavne o staré a dostatočne veľké stromy s dutinami, kde ani v tuhých zimách nevymrznú. Preto je pre tieto druhy veľmi potrebné ponechávať v lesných porastoch dostatok starých a prirodzene dutých stromoch. Prírode blízke hospodárenie v lesoch je predpokladom prežitia týchto druhov. Poodhaliť život "lesných netopierov" nám pomáhajú aj špeciálne búdky pre netopiere, ktoré však nie sú trvalo-udržateľným riešením ich ochrany. V zahraničí sa používajú aj ako súčasť prevencie proti škodcom v intenzívne obhospodarovaných porastoch, kde chýbajú prirodzené dutiny.
A - ďateľ vyhĺbi v kmeni dutinu
B - vyhnívaním stropu dutiny vznikne priestor atraktívny pre netopiere
C/D - larvy múch zredukujú množstvo nahromadeného netopierieho trusu
E - dutina je opäť využiteľná ako úkryt netopierov
Zimné úkryty
Jaskyne, staré banské diela (štôlňe), pivnice a rôzne budovy (najčastejšie panelové domy)
Celé generácie netopierov sa po mnohé stáročia vracajú každú jeseň do podzemných priestorov jaskýň, kde prečkajú nepriaznivé obdobie zimy v stabilných mikroklimatických podmienkach podzemia. Visiac na stenách alebo zalezené v rôznych štrbinách upadnú do telesnej strnulosti so spomalenými životnými procesmi, do tzv. hibernácie. Na zimovisku môžeme ľahko nájsť voľne zaveseného podkovára malého, podkovára veľkého, netopiera obyčajného, večernicu severskú, uchaňu čiernu. Vzácne na zimoviskách nájdeme netopiera riasnatého, netopiera brvitého či netopiera pobrežného. Zo Slovenska je známa aj vyše niekoľko desaťtisícová kolónia zimujúcich večerníc malých. Takéto zimoviská sú však veľkou vzácnosťou. Ako vhodné zimovisko pre niekoľkých ucháčov sivých môže poslúžiť aj malá kamenná pivnica pod našim rodinným domom.